Devido à relevância dos impactos ambientais causados pelas espécies exóticas invasoras, é cada vez mais comum se deparar com metodologias de combate a tais organismos para garantir a preservação de ecossistemas naturais. Um exemplo presente no Brasil é o lírio-do-brejo (Hedychium coronarium), uma macrófita aquática nativa da Ásia, que há anos vem causando prejuízos à biodiversidade brasileira, sem possuir qualquer meio de controle eficaz o suficiente para interromper o seu avanço pelas paisagens do território nacional. Nesse contexto, a Biologia Molecular pode ser usada para auxiliar na sua erradicação ao associar a variabilidade genética dos indivíduos com as chances de adaptação e resistência a mudanças ambientais e medidas de manejo aplicadas a suas populações. Para tal análise, neste trabalho foram coletadas amostras de plantas de diferentes municípios da região Sudoeste do Paraná, as quais posteriormente tiveram seu DNA genômico extraído e encaminhado a uma PCR com marcadores ISSR para amplificação de trechos do material. A visualização dos resultados ocorreu por meio de uma corrida eletroforética, onde se constatou que apesar do pouco êxito na PCR, os acessos da espécie apresentam certa variabilidade entre si, portanto, é possível que as respostas aos meios de controle sejam distintas ao longo das populações.