A produção orgânica de soja (Glycine max L.) desempenha um papel substancial na cadeia alimentar como alimento saudável. O objetivo deste trabalho foi analisar o potencial que envolve a produção da soja orgânica no Paraná e identificar os desafios do setor da produção. Buscaram-se dados da safra 2003/04 da SEAB e da pesquisa a campo da safra 2017/18 com as Empresas A - Gebana e Empresa B – Biorgânica, localizadas no sudoeste do Paraná. Diagnosticou o sistema de produção em seis propriedades rurais de soja orgânica do Paraná. A Empresa A apresentou área de cultivo de 800 ha, com 110 produtores e a Empresa B apresentou área de 260 ha abrangendo 40 produtores. O preço da soja orgânica e a produção aumentaram significativamente de 2003/04 a 2017/18. A partir do estudo notou-se que a média de produtividade dos produtores de soja orgânica ficou em 38 sc/ha, variando de 57 sc/ha a 31 sc/ha da maior para menor produtividade. Quando comparado com a soja transgênica ou convencional a produtividade foi de 62 sc/ha no Paraná, 63% superior à média da soja orgânica. Apesar da menor produtividade, renda bruta da soja orgânica foi compensada pelo aumento no preço (30 a 35%). Como conclusão ao estudo, é necessário melhorar a produtividade de soja orgânica, por meio do apoio a pesquisa, melhorando a genética das sementes e o controle das plantas concorrentes. Incentivo a assistência técnica e política pública são fundamentais para o aumento na produção orgânica de soja no Paraná.