OBJETIVO: O objetivo deste trabalho é a aplicação do método de Listas de Vizinhança (neighbor lists) em Dinâmica Molecular (DM) para o Problema de Dobramento de Proteínas (PDP). MÉTODOS: Neste trabalho é apresentada uma abordagem com neighbor lists para o algoritmo sequencial de DM, utilizando o modelo de proteínas off-lattice 3D-AB. Foram feitos testes com quatro sequências de proteínas sintéticas e diferentes combinações de raios de cutoff e intervalos de atualização das listas de vizinhança. RESULTADOS: Os experimentos resultaram em dobramentos condizentes com a estrutura biológica. Aminoácidos hidrofóbicos se concentraram no núcleo, enquanto os hidrofílicos se distribuíram na periferia da estrutura. A energia livre, por sua vez, decaiu com o tempo, até se estabilizar em torno de um valor mínimo. CONCLUSÕES: Conseguiram-se estruturas com energias livres menores que as do estado da arte para o 3D-AB com DM. Ressalta-se que a redução do número de interações consideradas através do estabelecimento de um raio de cutoff não prejudicou o cálculo da energia.