Neste trabalho apresenta-se o Problema da Geometria de Distâncias Moleculares (PGDM) para reconstrução de estruturas tridimensionais de proteínas por meio de métodos de Otimização Contínua. O objetivo do trabalho é analisar o desempenho dos métodos clássicos de Otimização Não-Linear (método BFGS) e de Mínimos-Quadrados (método Gauss-Newton) na resolução do PGDM, cujos dados estruturais das proteínas utilizadas no trabalho foram resgatados do Protein Data Bank (PDB). Apresenta-se e discute-se os resultados obtidos, bem como propostas de novas modificações como perspectivas futuras.