A fragmentação de habitats ocorre em diversos biomas brasileiros ocasionando em perdas de fluxo gênico, migração, indivíduos e populações de espécies. Deste modo, há grande necessidade de realização de estudos genéticos em populações naturais para que sejam feitas estratégias adequadas para conservação da diversidade genética, de uso e manejo adequado. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética em populações de Cecropia spp. em  fragmentos florestais no município de Campo Mourão, Paraná. Buscou-se também verificar o efeito da fragmentação florestal em ambientes de influência urbana na variabilidade genética destas espécies. O estudo abrangeu o perímetro urbano do município de Campo Mourão onde foram amostrados 54 indivíduos distribuídos em sete fragmentos. Para extração do DNA genômico utilizou-se o kit de extração PureLink® plant total DNA purification kit, seguido de reações de polimerase em cadeia (PCR) e eletroforese em gel de agarose a 1%. O primer ISSR4 foi testado nos 54 indivíduos ocorrendo anelamento em 53 desses indivíduos a uma temperatura de 54.9ºC, gerando um total de 103 bandas, sendo 44 polimórficas e 59 monomórficas. Como resultado preliminar considera-se a variabilidade coerente com a distribuição geográfica onde fragmentos mais distantes apresentam maior diversidade genética entre si.