OBJETIVO: O presente estudo teve como objetivo conhecer a comunidade de invertebrados que nidifica em raízes de macrófitas aquáticas, verificando também o hábito alimentar desses organismos. MÉTODOS: Foram coletados dois indivíduos de cada espécie de planta em brancos de macrófitas às margens do Refúgio Biológico de Santa Helena, PR, no período de novembro e dezembro de 2016, e abril de 2017. As raízes das macrófitas coletadas foram lavadas em laboratório para a retirada dos invertebrados, os quais foram triados e identificados ao menor nível taxonômico possível. RESULTADOS: Foram encontrados 26.863 invertebrados associados às raízes de 55 indivíduos de seis espécies de macrófitas. Foram identificadas 73 famílias de invertebrados distribuídas em quatro filos. Do total de invertebrados, 1.539 foram considerados microinvertebrados e 25.324 macroinvertebrados. Dos macroinvertebrados, os táxons mais abundantes e frequentes foram Ostracoda (Arthropoda) com 10.855 indivíduos em 71 plantas e Mytilidae (Mollusca: Bivalvia) com 11.941 indivíduos em 38 plantas. A maior parte dos invertebrados encontrados é de detritívoros e filtradores (26 táxons), com destaque novamente para ostrácodas e mitilídeos. Predadores também foram encontrados (22 táxons) com destaque para Noteridae (Coleoptera) Libellulidae (Odonata). CONCLUSÃO: Os resultados demonstram a complexidade da comunidade de invertebrados que nidifica em raízes de macrófitas, sendo um ambiente rico em interações ecológicas.