Portal de Eventos Científicos da UTFPR (EVIN), XXIII Seminário de Iniciação Científica e Tecnológica da UTFPR

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Pipeline para a investigação de Target Mimics em regiões intergênicas em plantas
Tharcísio Soares de Amorim

Última alteração: 2019-02-04

Resumo


Os MicroRNAs ou miRNAs compõem o tipo de pequeno RNA (small RNAs - sRNA) mais estudados.  O miRNA maduro interage com o RNA mensageiro (mRNA) desempenhando um papel regulatório essencial na expressão de genes nas plantas e animais. Os RNAs competidores endógenos (ceRNAs) são transcrições que possuem uma região similar ou igual aos de ligação do miRNAs:mRNA, também conhecida como MRE. Deste modo, os ceRNAs podem regular os miRNA em nível de pós-transcrição ao competir pelo mesmo, liberando os mRNAs para tradução. Em 2014, Ye e co-autores identificaram 42.965 ceRNAs ou Target Mimics (TM em plantas) para o genoma de soja, a partir de predição computacional. Entretanto, existe uma carência de informação funcional documentada para estes transcritos. Neste trabalho, nós expandimos essa análise para 28 genomas disponíveis no Ensembl Plants. Para isso, desenvolvemos um pipeline para realizar a análise em larga escala dos TMs. Em seguida, usamos os potenciais Target Mimics encontrados e os comparamos com anotações de ncRNA do Ensembl Plants. Nossos resultados mostram que uma grande quantidade de potenciais Target Mimics pode ser encontrada em regiões intergenicas e alguns deles são relacionados à ncRNAs conhecidos. Os resultados irão contribuir para a pesquisa de TMs em plantas


Palavras-chave


Non-coding RNA, pipeline, bioinformática, ceRNA, miRNA, Target Mimics

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