A aplicação de métodos para a determinação de microcistinas vêm crescendo nas análises ambientais, pois a toxicidade dessas cianotoxinas tem preocupado muitos especialistas, quando se trata de qualidade da água. A aquisição de padrões analíticos para a realização destas análises depende diretamente de fornecedores comerciais, o que dificulta a implantação de rotinas laboratoriais e impacta no custo analítico. Sendo assim, foi desenvolvido um método para purificação e isolamento de duas variantes de microcistina-LR a partir de amostras de cultivos de cepa da espécie Microcystis aeruginosa por cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC).  O preparo das amostras foi feito através de liofilização de cultivos em fase exponencial, solubilização e filtração (0,45 µm). Inicialmente, desenvolveu-se o método em coluna analítica (Shimpack C18, 25 x 0,46 cm d.i.), com ajustes das condições de separação, utilizando como fase móvel metanol e ácido trifluoracético 0,1%, na proporção de 50% de cada solvente; a vazão foi ajustada para 0,5 mL/min sob temperatura de 35º C. A separação obtida será aplicada em coluna preparativa, fazendo seu escalonamento para injeções repetidas de amostras e a coleta das bandas correspondentes às variantes de microcistina-LR. Após a obtenção das bandas separadas, elas serão analisadas por técnicas espectroscópicas de caracterização.