Uma série de novas substâncias tóxicas foram inseridas no meio aquático nas últimas décadas devido ao aumento da poluição, de modo que as respostas dos organismos, expostos a essa nova situação, precisam ser monitoradas em diferentes níveis de organização biológica. Este trabalho teve como objetivo analisar a qualidade ambiental do rio Jirau Alto, Dois Vizinhos – PR, a partir das histopatologias de brânquias da espécie de peixe bioindicadora  Astyanax bifasciatus. A coleta dessa espécie foi realizada no inverno e no verão de 2016 a partir da utilização de apetrechos apropriados de pesca. As coletas ocorreram em quatro pontos amostrais do rio Jirau Alto, com diferentes níveis de poluição. Um ponto controle foi estabelecido na UTFPR-DV, em um lago artificial. Os animais coletados foram anestesiados com benzocaína 20% e em seguida sacrificados para retirada de suas brânquias, as quais foram fixadas em ALFAC por 12 horas e acondicionadas em álcool 70%. Em seguida, ocorreu o processamento dos tecidos através dos procedimentos histológicos rotineiros. Para coloração das lâminas utilizou-se os corantes Hematoxilina-Eosina. As seguintes alterações foram registradas em tecido branquial: aneurismas, edemas, fusão parcial, fusão total e hiperplasia. Em geral, os animais do ponto controle tiveram as menores frequências de histopatologias e os do ponto P1 (montante) as maiores. Conclui-se que os protocolos histológicos são ferramentas muito úteis na detecção do efeito dos contaminantes nas espécies.