A Tropaeolum Pentaphyllum conhecida como batata-crem, é encontrada na região sul do Brasil, se destaca em sua principal aplicação culinária local, ademais possui propriedades antibacterianas, antifúngicas e ainda auxilia na redução do colesterol, está entre as espécies vulneráveis a extinção e possui dados genéticos escassos. O presente trabalho teve como objetivo padronizar as reações de PCR para o marcador molecular ISSR. O processo iniciouse com amostras provenientes do estado do Rio Grande do Sul, sendo das cidades de Ipê, Frederico Westphalen e Vacarias. Vários ensaios foram realizados, desde a quantificação quanto o anelamento dos primers e concentrações de MgCl2. Contudo pode-se verificar que os melhores primers até o momento foram ISSR2, ISSR4, ISSR6 ISSR8 E CCA. Ademais se faz necessários mais experimentos para melhorar e refinar os resultados.