A produção do leite traz consigo a geração de efluentes com altas concentrações de nitrogênio e matéria orgânica que devem ser submetidos a um tratamento adequado, para não contaminarem corpos hídricos com suas elevadas concentrações de nutrientes. As Bactérias Oxidadoras de Amônia (BOA), Bactérias Oxidadoras de Nitrito (BON) e as desnitrificantes presentes no sistema de tratamento realizam a retirada do nitrogênio, já as bactérias heterotróficas a remoção da matéria orgânica. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi quantificar o número desses organismos e correlacionar com diferentes tipos de operação em um reator de leito estruturado com aeração continua e intermitente. Foram coletadas amostras do efluente, lodo e material suporte presentes no reator em cada fase de operação, fase AC com aeração continua, fase AI com aeração intermitente sem recirculação do efluente e fase AIR com aeração intermitente e recirculação do efluente utilizando a técnica do NMP/100 mL para as BOA, BON e desnitrificantes e a técnica da contagem padrão em placas para calcular o número de Unidades Formadoras de Colônia por mL (UFC/mL) das heterotróficas. Constatou-se que a fase AC obteve um crescimento de organismos inferior em relação as fases AI e AIR onde as bactérias de modo geral se desenvolveram em maior quantidade. Concluiu-se que dentre as fases estudadas a AIR foi a mais eficiente para o crescimento do número das bactérias, possibilitando assim um sistema com mais eficiência operando intermitentemente, assim, economizando energia no tratamento do efluente se comparado com a aeração continua.