O rebanho da bubalinocultura vem se difundindo no Brasil, por apresentarem produtos de alta qualidade nutricional. São poucos os estudos na área de melhoramento genético utilizando marcadores moleculares na espécie que poderiam contribuir positivamente na atividade. A variabilidade genética em um rebanho pode colaborar nas tomadas de decisões dos programas de acasalamento, desta forma, o objetivo do presente estudo foi realizar uma análise da diversidade genética de búfalos utilizando marcadores moleculares do tipo SSRs. Foram analisados 25 materiais genéticos provenientes de uma extração do bulbo folicular do pelo dos animais e submetidos a reações de PCR e genotipagem. Os dados obtidos através da genotipagem dos cinco marcadores moleculares (BM1224, ETH225, ETH152, TEXAN15 e CSFM50) foram analisados no programa Darwin e separados em dois grupos, demostrando que os animais são geneticamente diferentes, todavia os animais de número 20 e 21, 18 e 23 e 1, 2 e 14 apresentaram alta semelhança genética.