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O objetivo deste trabalho é padronizar um protocolo para as reações de PCR com DNA da espécie Tropaeolum pentaphyllum utilizando o marcador molecular SSR, revelando assim a variação genética contida nesta espécie. Para tal, foram necessárias a extração e quantificação do DNA das populações obtidas nas cidades de Frederico Westphalen, Vacaria e Ipê, seguido de uma reação em cadeia de polimerase com o marcador molecular SSR, que é um microssatélite que possui alto grau de polimorfismo. Os resultados obtidos não foram de acordo com o esperado, pois a PCR gerou muitas bandas em cada um dos poços amostrais, fora necessário utilizar um software CLUSTAL O para verificar o alinhamento dos primers com o template. Após a análise bioinformática foi observado que os primers apresentavam pareamentos desuniformes, e isso pode ter gerado a perda de especificidade dos resultados.

Batata crem, Marcadores moleculares, Alinhamento.