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Por razões histórico-culturais e pelo fato do Sudoeste paranaense ter sido a última região de fronteira agrícola a ser explorada no Paraná, efetivou-se nessa região uma agricultura familiar e policultivadora, baseada na produção e na transformação artesanal de alimentos no interior da própria casa. A ocorrência de doenças transmitidas por alimentos (DTAs) tem sido o tópico de vários estudos, em vista disso, foi proposto o presente estudo, que tem o objetivo de avaliar a microbiota presente em amostras do queijo colonial produzido pela Agricultura Familiar do Sudoeste do Paraná. Para realizar essa avaliação, efetuou-se análises de detecção de Salmonella spp. e Listeriamonocytogenesem amostras de queijo colonial artesanal, elaborado com leite cru. As metodologias utilizadas nessa pesquisa foram definidas pela American Public Health Association (APHA), descritas na 4ª edição do Compendium of Methods for Microbiological Examination of Foods. No presente trabalhonas amostras de queijo analisadadetectou-se a ausência de Listeria,e constatou-se a presença da Samonella spp em algumas amostra, no entanto, ainda está em andamento algumas análises para confirmação desses resultados. Observa-se também a extrema importância dessas análises, principalmente ha hora de oferecer um produto de qualidade ao consumidor, livre de patógenos causadores de doenças graves.