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O presente artigo apresenta uma análise do processo biológico da agregação de proteínas utilizando métodos computacionais. O objetivo é observar o comportamento de estruturas polipeptídicas com tendência à agregação em simulações computacionais com temperaturas variadas. Para isto, foi utilizado um algoritmo baseado em dinâmica molecular que implementa o modelo 3D-AB off-lattice. A metodologia consistiu em construir uma base de dados a partir de simulações realizadas em quatro diferentes sequências de aminoácidos e analisar os parâmetros da energia interna e a compacidade. Os resultados obtidos permitiram a construção de gráficos e a observação de estruturas resultantes condizentes com as equivalentes biológicas, nas quais as estruturas hidrofóbicas de duas diferentes proteínas tendem a permanecer no centro do agregado e próximas umas das outras. Conclui-se que os dados analisados apontam para uma temperatura a partir da qual a ocorrência de agregação é menos favorável e também para uma possibilidade de a temperatura do sistema ter influência no processo de agregação.

Agregação de proteínas. Dinâmica Molecular. Modelo 3D-AB off-lattice.