Ao mesmo tempo que o Brasil comemora liderança no setor do agronegócio, é um dos países que mais utiliza agrotóxicos. Uma das alternativas é o uso de bactérias que possam substituir o uso desses pesticidas. Nesse contexto, este trabalho consistiu na identificação molecular de espécies de microrganismos isolados anteriormente de amostras de solo da região da cidade de Toledo Paraná, esperando encontrar espécies de Bacillus com posterior aplicação biotecnológica. Dessa forma, dos 34 isolados, escolheu-se 13 com morfologias diferentes e realizou-se o procedimento de reação em cadeia da polimerase (PCR), na qual foi amplificado o gene 16S, além de purificação das amostras amplificadas, eletroforese em gel de agarose, sequenciamento e análise das sequências nucleotídicas obtidas. Analisou-se a similaridade com bancos de dados genéticos do algorítimo Blast e encontrou-se que dos 13 isolados, 54% são pertencentes ao grupo Bacillus subtilis sensu lato, 23% ao grupo Bacillus cereus sensu lato, 15% apresentaram alta semelhança com Bacillus megaterium e 8% não foi possível classificar. Portanto, ao conhecer gênero e os grupos ou espécies as quais as amostras possivelmente pertencem, é possível ter uma noção das aplicações e direcionar as pesquisas em trabalhos futuros.