A bioinformática é uma área de pesquisas interdisciplinar que apresenta vários importantes desafios computacionais. Um desses desafios consiste na inferência de árvores filogenéticas, especialmente quando considerados organismos muitos próximos em termos de evolução. Para a construção de árvores filogenéticas é preciso analisar diversos aspectos de um ser vivo, dentre eles são analisadas as sequências genéticas que possuem em sua estrutura um caráter conservador, mas também que permita avaliar a sua evolução. Esta pesquisa apresenta uma metodologia para a análise e classificação de sequências de mRNA e lncRNA de diferentes espécies utilizando como base a teoria de redes complexas e reconhecimento de padrões. Mais especificamente, é apresentado como medidas topológicas de redes complexas podem ser usadas como características para a classificação de sequência de transcritos e como tais medidas contribuem para a construção de árvores filogenéticas, indicando resultados promissores.