ANAMMOX é o processo de oxidação anaeróbia do íon amônio em gás nitrogênio, utilizando nitrito como aceptor final de elétrons. As bactérias envolvidas no processo ANAMMOX são encontradas em simbiose com outras bactérias, especialmente as que estão envolvidas no ciclo do nitrogênio. Algumas análises de biologia molecular, como a de FISH (Fluorescent In Situ Hybridization) permitem a caracterização das bactérias contidas no processo ANAMMOX em reatores para tratamento de efluentes. O objetivo do presente trabalho foi determinar através do FISH a microbiota de três reatores operando na Embrapa Suínos e Aves, em Concórdia-SC. As amostras foram coletadas e processadas de acordo com protocolos estabelecidos, e as lâminas analisadas através de microscopia epifluorescente. As imagens comprovaram a presença de bactérias oxidadoras de nitrito (BON), bactérias oxidadoras de amônia (BOA) e bactérias ANAMMOX em diferentes proporções nos reatores analisados. Foi possível observar a simbiose entre os diferentes microrganismos frente aos processos de remoção de nitrogênio e a importância da utilização da técnica de FISH para o controle da microbiota no processo.