A presença de cianobactérias na água bruta pode causar uma série de problemas operacionais nas estações de tratamento de água, além de se verificar a reduzida eficiência do sistema convencional de tratamento na remoção de compostos de baixa massa molar, como é o caso de metabólitos secundários e do carbono orgânico assimilável. Este último, formado quando da aplicação de processo oxidativo no tratamento, pode interagir com o cloro na etapa de desinfecção e gerar subprodutos cancerígenos como os trihalometanos. Neste trabalho estudou-se a associação do processo oxidativo UV/H₂O₂ com a filtração biológica na redução de carbono orgânico assimilável e carbono orgânico dissolvido proveniente da oxidação de cultivos da cianobactéria Microcystis aeruginosa. Para o experimento, foi adotada densidade de células de 5x10⁵ cel mL^-1 e dosagem de 10 mgH₂O₂ L^-1 . Após a oxidação, a água foi encaminhada aos biofiltros por um período de 30 horas. Foram realizadas análises de carbono orgânico dissolvido (COD) e carbono orgânico assimilável (COA) e os resultados mostram que para COD houve uma redução de sua concentração ao longo do tempo estudo, enquanto as analises de COA indicaram aparente consumo do mesmo pelo biofilme formado no filtro. Para uma melhor avaliação, considera-se necessário um maior tempo de avaliação.