Os fungos do gênero Penicillium estão entre os mais disseminados na superfície terrestre e são os principais produtores de metabólitos secundários em meio de cultura. O estudo que associa aspectos químicos e propriedades biológicas dos metabólitos produzidos por essas cepas fúngicas é alvo de interesse da comunidade científica mundial, pois resultou na obtenção de medicamentos e aditivos de alimentos. Este trabalho mostra os métodos de cromatografia em coluna, cromatografia líquida de alta eficiência (CLAE) analítica e preparativa utilizados para purificação e análise dos extratos fúngicos do entomopatogênico JUANT028. O extrato clorofórmio dessa cepa apresentou melhores resultados nos testes de inibição de crescimento de fungos fitopatogênicos e potencial para utilização no controle biológico. Por isso, este extrato foi escolhido para isolamento dos metabólitos bioativos. Posteriormente essas substâncias serão testadas como fungicidas de origem orgânica que são menos agressivos ao meio ambiente.