OBJETIVO: A citogenética por ser um ramo de estudos que envolve informações a nível cromossômico, pode contribuir para a conservação de espécies pertencentes aos mais variados biomas, como a Mata Atlântica. Dessa forma, o estudo objetivou descrever as problemáticas laboratoriais e de campo, culminando em orientações para se alcançar um resultado citogenético mais efetivo na análise de espécies florestais nativas. MÉTODOS: Foram coletados botões florais de 4 a 12 plantas, de cinco diferentes espécies, localizadas em fragmentos florestais na Região Sul do Brasil. Em seguida o material foi encaminhado para analise no laboratório de Citogenetica da Unicentro, campus Guarapuava. Para os estudos meióticos foram separadas 50 a 200 anteras e os meiocitos corados com carmim propionico a 1%, sendo consideradas todas as fases da meiose. RESULTADOS: Dificuldade no acesso e coleta dos botões florais, seleção da fase e tamanho ideal dos botões, presença de assincronismo fenológico entre plantas de todas as espécies observadas; presença de barreira física na estrutura celular de 80% das espécies analisadas; presença de incrustações citoplasmáticas e de células vazias, além de aderência cromossômica. CONCLUSÕES: Recomenda-se a marcação de um número maior de árvores matrizes por espécie para a coleta de material botânico; coleta de botões florais em diferentes estádios e estudos morfoanatomicos, caracterizando a composição e a origem das caloses encontradas nas espécies analisadas.