OBJETIVO: O objetivo deste trabalho foi examinar a diversidade  bacteriana e suas possíveis funções metabólicas na filosfera de espécies de árvores representativas da floresta atlântica, usando sequenciamento de alto rendimento de genes 16S rRNA e análises metaproteômicas. MÉTODOS: Peptídeos trípticos foram analisados ​​por cromatografia líquida de alta performance de fase reversa acoplada à espectrômetro de massa de ionização por nanoelectrospray em tandem (nESI-Q-TOF, Waters). Os arquivos de dados obtidos a partir de espectros de massa de alta precisão foram convertidos em listas de picos e analisados ​​com dois algoritmos de pesquisa: Mascot (Matrix Science) e X!Tandem. RESULTADOS: Neste estudo, caracterizamos as comunidades bacterianas na filosfera de quatro espécies arbóreas da Mata Atlântica (Mollinedia schottiana, Ocotea dispersa, Ocotea teleiandra e Tabebuia serratifolia) e seus metaproteomas para examinar os grupos funcionais proteicos básicos que se expressam na filosfera. Utilizando LC-ESI-Q-TOF, foram analisados ​​48.010 espectros de massa de peptídeos e 345 proteínas não redundantes foram identificadas. A maioria das proteínas foi compartilhada entre as filosferas de todas as espécies arbóreas, sugerindo redundância funcional, apesar das diferenças na estrutura da comunidade bacteriana. CONCLUSÕES: Nossos resultados sugerem que mesmo que as comunidades bacterianas nas filosferas sejam filogeneticamente diversas, seus metaproteomas são funcionalmente convergentes.