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O objetivo deste trabalho é padronizar as reações da espécie Tropaeolum pentaphyllum utilizando o marcador molecular SSR, revelando assim a variação genética contida nesta espécie. Para tal, foram necessárias a extração e quantificação do DNA das populações de Frederico Westphalen, Vacaria e Ipê, seguido de uma reação em cadeia de polimerase com o marcador molecular SSR, que é um microssatélite que possui alto grau de polimorfismo. Os resultados atuais, demonstraram que entre as três populações há diferenças genotípicas, isto é, polimorfismo, contudo, vale ressaltar, que serão necessários mais testes para determinar o polimorfismo entre as espécies.