Algumas espécies do gênero Piper (Piperaceae) são comercializadas devido ao potencial farmacológico do óleo essencial (OE) que produzem. O óleo de P. gaudichaudianum possui capacidade anti-inflamatória, o de P. amalago é leishmanicida e o de P. glabratum possui potencial tripanocida. Contudo, estas espécies são facilmente confundidas por suas semelhanças morfológicas. Assim, este trabalho traz um resultado preliminar das análises da pesquisa de iniciação científica da primeira autora. O objetivo desta primeira etapa foi realizar uma análise anatômica comparativa do caule e a da composição química dos OE das três espécies, para dar suporte à sua diferenciação. Para as análises anatômicas foram empregadas técnicas usuais de histoquímica, enquanto a caracterização do OE foi realizada por cromotagrafia gasosa acoplada à espectrometria de massas. Após as análises anatômicas, verificou-se que P. gaudichaudianum apresenta epiderme com alta densidade de tricomas tectores, P. amalago apresenta epiderme com tricomas esparsos e em P. glabratum, observa-se ausência de tricomas e com cutícula espessa positiva para Sudan IV. As análises químicas do OE evidenciaram alguns compostos únicos para cada OE. Com isso, concluímos que as espécies podem ser diferenciadas por caracteres anatômicos e pela composição do seu óleo essencial.